Aangezien het terrein verdacht was op Niet Gesprongen Explosieven heeft Geonius in samenwerking met BeoPROJECTS de sonderingen uitgevoerd met een magnetometerconus. Op basis hiervan is een funderingsadvies opgesteld voor de nieuw te bouwen delen van de school. In verband met de hoge grondwaterstand is bij de realisatie van de nieuwe fundering ook bemaling noodzakelijk. Geonius heeft ook dit bemalingsadvies opgesteld.
In de praktijk verliep de bemaling echter anders dan verwacht. Waar normaal gesproken een waterremmende toplaag van veen en klei aanwezig is, was in dit geval de ondergrond onder de op palen gefundeerde bestaande bebouwing en verharding ingeklonken en daardoor grotendeels afwezig. Het te bemalen deel stond hierdoor in contact met de sloten in de omgeving.
Het bemalingswater werd op de sloten geloosd. Het water werd daardoor rondgepompt, maar zo kon de gewenste grondwaterstandverlaging niet gerealiseerd worden. Om de verlaging wel te kunnen creëren, werd de bouwput hydrologisch afgesloten. Dit werd gerealiseerd door de randen van de bouwput van kleidammen te voorzien. Voor een ander deel van de nieuwbouw is besloten om het bouwpeil te verhogen zodat bemaling niet nodig was.